Początki naszego zespołu sięgają roku 1922, kiedy to za sprawą prof. Tadeusza Grabowskiego powstała Pracownia Psychogenetyczna. W Pracowni prowadzono badania porównawcze nad genetyką i rozwojem funkcji psychicznych - takich jak instynkt czy pamięć. Prowadzono zajęcia dydaktyczne "Psychogenetyka" oraz "Zoopsychologia eksperymentalna". Pracownia borykała się z trudnościami lokalowymi - początkowo mieściła się w warsztatach krawiecko-szewskich Dyrekcji Poczt i Telegrafów przy ulicy św. Anny. Mimo tego przed II wojną światową w zakładzie obroniono jedną habilitację, pięć doktoratów i siedem prac magisterskich.
W czasie II wojny światowej prof. Grabowski i niektórzy współpracownicy zostali aresztowani i wywiezieni do obozu Sachsenhausen. Tam podjęli tajną działalność dydaktyczną. Podczas ich nieobecności Pracownią opiekowała się mgr Halina Wojtusiakowa, która ukryła większość aparatury badawczej i biblioteki należącej do Zakładu Zoologii UJ. Pozostali na wolności członkowie Pracowni podczas okupacji zajmowali się tajnym nauczaniem.
Po wojnie kierownikiem zespołu, przemianowanego na Zakład Zoopsychologii i Etologii, został doc. Roman J. Wojtusiak, który na tym stanowisku pracował do emerytury w 1976 roku. Zespół został wówczas przeniesiony z oddziału filozoficznego na oddział nauk przyrodniczych (przy czym oba oddziały należały do Wydziału Filozoficznego). Pod wodzą kolejnego kierownika, prof. Bronisława Ferensa, zespół stał się częścią utworzonego wówczas Instututu Biologii Środowiskowej, który w 2002 roku przemianowano na Instytut Nauk o Środowisku. W tym okresie w zakładzie badano zdolność widzenia i rozróżniania barw przez różne gatunki kręgowców oraz wpływ warunków środowiska, w tym zmiennego pola elektromagnetycznego, na zachowanie się zwierząt w kontekście rytmów biologicznych. Wiele uwagi poświęcono również zagadnieniom ochrony przyrody, z czym wiązały się liczne prace dotyczące małopolskiej awifauny. Po odejściu prof. Ferensa na emeryturę Zakładem kierowali kolejno: doc. Zofia Lenkiewicz, prof. dr hab. Wincenty Harmata i dr hab. Jacek Wasilewski.
W 2003 roku kierownictwo zakładu objął dr hab. Jacek Radwan. To z jego inicjatywy zmieniono profil Zakładu - główny nacisk położono na socjobiologię, ekologię behawioralną i genetykę ewolucyjną. W 2007 roku rozwiązano wszystkie zakłady wchodzące w skład Instytutu Nauk o Środowisku powołując w ich miejsce zespoły badawcze. Zakład Zoopsychologii i Etologii przekształcił się w Zespół Ekologii Molekularnej i Behawioralnej.
W 2012 r., po przeniesieniu się prof. Radwana na UAM, kierownikiem zespołu został prof. Wiesław Babik. W 2019 r roku, w związku z ze zmianą profilu badań, została również zmieniona nazwa, na Zespół Genomiki i Ewolucji Eksperymentalnej.